De forma general, puede considerarse que la mayoría de los procesos comerciales para la obtención de biodiesel a escala industrial, se basan en la transesterificación, reacción a través de la cual el glicerol de la estructura del triglicérido (especie mayoritaria en aceites vegetales y grasas animales) es desplazado por la incorporación de un alcohol de cadena corta (generalmente metanol). El resultado es la formación de tres moléculas de ésteres (metílicos), y una molécula de glicerol. La transesterificación es una reacción de equilibrio y, en consecuencia, tanto reactivos como productos estarán presentes cuando ésta llegue a su fin, momento en el que se obtienen dos fases parcialmente miscibles: una fase más densa rica en glicerol (o glicerina); y una fase menos densa rica en ésteres alquílicos (o biodiésel). La glicerina se separa por decantación o centrifugación (según tecnologías) y se purifica para su uso en distintas aplicaciones. Por su parte, para cumplir con la norma EN14214 (norma de referencia del biodiesel), la fase de biodiésel también debe ser purificada antes de ser utilizada como combustible. Por otro lado, las características físicas y químicas de la materia prima afectan de forma considerable al proceso y/o a las propiedades finales del biodiesel, que debe satisfacer las especificaciones de calidad de la Norma de referencia. Dependiendo de las especificaciones de la materia prima, los procesos o etapas a desarrollar en la obtención del biodiesel pueden ser diferentes. Debido al desarrollo inicial del sector del biodiesel, prácticamente la totalidad de los tecnólogos disponibles en el mercado, diseñan las construcciones de plantas para el empleo de materias primas tipo aceites vegetales (crudos, parcialmente refinados y/o refinados). Sin embargo, para poder ser competitivos, se deben utilizar materias primas de diferente origen. En los últimos años ha emergido el interés por los aceites de fritura y las grasas animales, y actualmente materiales avanzados, los cuales pueden considerarse materias primas no comestibles que tienen la característica de ser residuos y, como tales, deben ser tratados y eliminados.